在国外，条码打印机在医疗上的使用已经十分遍及与完善，而在我国，条码打印机也陆续开始在医疗上的各种应用。

例如：病例的处理、化验单的处理、药品分发的处理、病患的住院处理等等。每一年，医院都会有大大小小的医疗事端，其间有不少病人拿错药品或掌握错的剂量的事件，也有很多药品在外观上不容易分辩，而条形码是分辩药品最好的标示。条形码应用于药品包装也有利于防治假药的商场流通，对于防止假药在市场上流通起到了不错的效果。

现在很多医院选用了带内嵌式条码扫描器的条码打印机，用于查询化验单作用。主治医师从病人采样到病人进行化验，在采样的试管上都贴有条形码，条形码的信息都会录入系统，化验作用出来后，条码打印系统会自动打印出化验单，同时信息也会录入系统，病人通过手中带有条形码的化验单，在条码扫描器上获取化验单结果，有效改进了因为排队而造成的医院拥堵不堪的状况，大大改善了医院的就医环境。

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在药品发排处理方面，条形码也能起到很好的作用，方便，快捷，准确的识别各种药品，避免由于人工依靠药品外壳，形状找药带来的很多不利因素。住院处理方面，比如新生儿的处理，从前很多医院都出现过婴儿认错，领错的事件，而现在很多医院选用条码打印机打出腕带，并分别戴在母亲与婴儿的手腕，有效的避免了抱错孩子这一现象的出现。